Между тем версии о судьбе Янтарной комнаты множились. По одной из них, Янтарная комнаты сгорела во время пожара Королевского замка в 1945 году. По утверждению одних, замок подожгли немцы, убегая от наступавших русских, в то время как другие говорят, что пожар возник от бомбежки советской авиации. Согласно заявлениям третьих, перед самым штурмом советскими войсками Кёнигсберга на одном из городских кладбищ, где уже несколько лет не производилось никаких погребений, «были сделаны захоронения каких-то ценностей», среди которых вполне могла быть и Янтарная комната. На этом кладбище между покойницкой и часовенкой, где отпевали умерших, по местным преданиям, существовал подземный транспортный ход. Если его замуровать с обеих сторон, то лучшего убежища для хранения и придумать невозможно.
По другой версии, Янтарная комната спрятана в главной шахте бывших соляных копей городка Вольприхаузен. Согласно преданиям, в последние дни войны сюда доставили 24 вагона, прибывшие из «восточных районов». Содержимое вагонов опустили на глубину 660 метров, и тщательно замаскировали всякие следы этой секретной операции. В 1945 году британские оккупационные власти начали извлекать ценности на поверхность. Среди них оказались «ящики с книгами, архивами, научным оборудованием». Находки обещали быть сенсационными. Надеялись извлечь из шахты и легендарную Янтарную комнату. Но неожиданно по чьей-то команде или, точнее, по чьему-то замыслу шахта была взорвана и затоплена водой.
Ещё одним немецким городом, упоминаемым в связи с Янтарной комнатой, является Арнштадт. На его окраине будто бы находится подземное убежище, которое в 1944 году строили советские военнопленные. Есть смутные свидетельства того, что по ночам туда свозили какие-то ценности, в том числе и Янтарную комнату.
Одно из самых удивительных мест предполагаемого захоронения Янтарной комнаты – это объект «Ольга С-3» в Тюрингии. Здесь будто бы создавали подземную запасную столицу Германии. В 1945 году сюда должна была переехать канцелярия Гитлера. Сюда же свозили все художественные ценности, в том числе и ящики с Янтарной комнатой. Затем всё это взорвали. После войны объект «Ольга С-3» оказался в зоне советской оккупации. Над взорванным объектом разместились казармы советских войск. Впрочем, о том, что находилось под военным городком, стало известно только после вывода советских войск из Германии.
Существует легенда о некой гигантской подводной лодке, на которой Адольф Гитлер весной 1945 года отправился к берегам Аргентины, захватив с собой, среди прочего, и «янтарное чудо». До места назначения лодка не дошла. Согласно легендам, «перед отплытием команда приняла на борт баллоны, куда вместо кислорода закачали закись азота, что обеспечило таинственной субмарине вечный покой на дне Балтики».
Есть и другая «морская легенда» о том, что Янтарная комната погребена на глубине пятидесяти метров в двадцати милях от косы Хейль. Фашисты будто бы погрузили её в трюмы океанского девятипалубного чудо-корабля «Вильгельм Густлов» длиной более двухсот метров – плавучей Атлантиды, потопленной советской подводной лодкой С-13 под командованием легендарного Александра Маринеско. По этому поводу существует две противоречащие друг другу легенды. Согласно одной из них, после гибели «Вильгельма Густлова» Гитлер объявил Маринеско личным врагом. Хотя, как утверждает другая легенда, этого не могло быть, потому что, по мнению гитлеровской пропаганды, это снизило бы боевой дух немецкой армии. Между тем подъёму корабля со дна моря препятствует одно немаловажное обстоятельство. Дело в том, что участники Потсдамской конференции поделили между собой только те плавсредства побежденной Германии, которые в момент подписания соглашения находились на плаву, как-то совершенно выпустив из виду, что довольно солидная часть германского флота – около 200 транспортов – уже начинала обрастать ракушками на дне Балтики.
Долгое время вопрос о территории поиска Янтарной комнаты в фольклоре сомнений не вызывал. Было очевидно, что это не Царское Село и не Екатерининский дворец. Если «янтарное чудо» и можно было найти, то только за пределами Советского союза. Так велика была вина фашистских оккупантов в массовой утрате художественных ценностей страны, что думать по-другому просто не хотелось. Между тем со временем появляется всё больше и больше других легенд.
По одной из них, на основании современных исследований царскосельского краеведа Фёдора Морозова, за полтора-два года до начала Великой Отечественной войны группе царскосельских реставраторов было приказано изготовить в масштабе 1: 1 «две янтарные копии». Одна из них была подарена «небезызвестному другу СССР Арманду Хаммеру, оказавшему советскому правительству важные услуги в первые месяцы войны». Другая копия осталась в экспозиции Екатерининского дворца, и именно её немцы похитили при отступлении из Царского Села. А подлинник перед самой войной «замуровали в катакомбах царскосельских дворцовых подвалов», где она будто бы до сих пор и находится.
По другой легенде, подлинник Янтарной комнаты спрятан в подвалах казарм царскосельской лейб-гвардии, находившихся на углу Церковной и Малой улиц, или в подземных переходах, которые существовали между Екатерининским и Александровским дворцами и павильоном «Арсенал» в Александровском парке.
Но если эти легенды всё-таки предполагают хоть какой-то шанс когда-нибудь найти Янтарную комнату, то другие не оставляют на этот счёт никакой надежды. Во всяком случае, на территории Царского Села. Например, бытует легенда о том, что Сталин решил подарить то ли саму Янтарную комнату, то ли её копию Гитлеру в память о подписании пакта Риббентропа – Молотова. По легенде, Сталин долго сомневался, каким должен быть подарок. Наконец, он вызвал Алексея Толстого: «Вы понимаете в культуре, – сказал он ему, – так скажите, что советский народ должен подарить немецкому народу – своему брату на век… со следующей недели?». Толстой жил в то время в бывшем Царском Селе и поэтому посоветовал первое, что пришло ему в голову: «Янтарную комнату». Сталин поругал его за такую расточительность, но с идеей согласился: «Только с одной поправкой: дарить немцам надо копию». И тут же были заказаны две копии. Остается только неизвестным, что подарили Гитлеру, а что осталось в Советском союзе и где это находится.